O Portfólio de Inovação da Fiocruz faz a identificação e a atualização dos resultados inovadores gerados na instituição. Mais que um levantamento sobre a inovação em saúde, a iniciativa busca potencializar o uso social destes projetos, por meio de parcerias para transferência e incorporação de conhecimentos e tecnologias em saúde, de acordo com as perspectivas de desenvolvimento do Complexo Econômico-Industrial da Saúde no país.
Os projetos estão disponíveis em versão trilíngue: português, inglês e espanhol e o site é atualizado constantemente, com a adição dos projetos inovadores em desenvolvimento na Fiocruz.
A primeira versão do Portfólio foi lançada em 2010 e até 2011 havia reunido 74 projetos classificados de acordo com os setores do Complexo Econômico-Industrial da Saúde: fármacos e medicamentos, reagentes para diagnóstico, serviços tecnológicos em saúde, equipamentos, vacinas e imunobiológicos, tecnologias de informação e comunicação e bioinseticidas e biocidas.
A segunda versão, lançada em 2014, apresenta mais de cem projetos distribuídos em setores tecnológicos como vacinas, medicamentos, tecnologias sociais/educacionais e serviços em saúde.