A Fiocruz conta com uma série de cooperações institucionais e técnico-científicas com o objetivo de viabilizar suas ações no campo saúde e ambiente. Entre os parceiros, destacam-se:
- Ministério da Saúde (MS)
- Ministério do Meio Ambiente (MMA)
- Ministério do Desenvolvimento Agrário (MDA)
- Conselho Nacional de Secretários estaduais de Saúde (Conass)
- Conselho Nacional de Secretários Municipais de Saúde (Conasems)
- Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação do Estado do Pará (Secti-PA)
- Secretaria Estadual do Meio Ambiente do Rio Grande do Sul (Sema-RS)
- Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa)
- Fundação Nacional de Saúde (Funasa)
- Instituto Nacional da Reforma Agrária (Incra)
- Itaipu Binacional
- Jardim Botânico do Rio de Janeiro
- Museu Paraense Emílio Goeldi
- Observatório Nacional de Saúde do Trabalhador, do Ministério da Previdência Social
- Organização Mundial da Saúde (OMS)
- Organização Pan-americana de Saúde (Opas)
- Universidade Federal do Pará (UFPA)
- Universidade Federal Fluminense (UFF)
- Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)