A Auditoria Interna da Fiocruz atua, principalmente, com base nas seguintes legislações:
- Portaria PR/FIOCRUZ nº 5.573/2020 - Aprova o Manual da Auditoria Interna da FIOCRUZ - MAINF;
- Portaria PR/FIOCRUZ nº 99/2021 - Aprova o Estatuto da Auditoria Interna da FIOCRUZ e as considerações de sua edição;
- Estatuto da Auditoria Interna da FIOCRUZ e as considerações de sua edição;
- Manual da Auditoria Interna da FIOCRUZ - MAINF;
- Constituição Federal/1988 – Arts. 70 e 74;
- Emendas Constituciuonais nº 19/1998, 20/1998, 41/2003, 47/2005 e 70/2012;
- Lei Complementar nº 101/2000 – Lei de Responsabilidade Fiscal;
- Lei nº 4.320/1964 – Lei de Finanças Públicas;
- Lei nº 8.112/1990 – Estatuto do Servidor Público;
- Lei nº 8.666/1993 – Lei de Licitações e Contratos Administrativos;
- Lei nº 8.958/1994 – Relações entre as instituições federais de ensino superior e de pesquisa científica e tecnológica e as fundações de apoio;
- Lei nº 10.520/2002 – Pregão Presencial e Eletrônico;
- Lei nº 10.887/2004 – Aplicação de disposições da Emenda Constitucional nº 41, de 19 de dezembro de 2003;
- Lei nº 14.133/2021 – Nova Lei de Licitações e Contratos Administrativos;
- Leis Orçamentárias vigentes (PPA, LDO e LOA);
- Decreto-Lei nº 200/1967 – Organização Administrativa Federal;
- Decreto nº 93.872/1986 – Unificação dos recursos de caixa do Tesouro Nacional;
- Decreto nº 1.171/1994 – Código de Ética do Servidor Público Civil;
- Decreto nº 3.591/2000 – Sistema Controle Interno do Governo Federal;
- Decreto nº 7.892/2013 – Sistema de Registro de Preços;
- Decreto nº 8.932/2016 – Estatuto da FIOCRUZ;
- Decreto nº 9.991/2019 – Política Nacional de Desenvolvimento de Pessoas da Administração Pública Federal direta, autárquica e fundacional;
- Decreto nº 10.024/2019 - Regulamenta a licitação na modalidade pregão, forma eletrônica;
- Decreto nº 10.947/2022 - Regulamenta o plano de contratações anual e institui o Sistema de Planejamento e Gerenciamento de Contratações;
- Instrução Normativa Conjunta MP/CGU nº 01/2016 - Dispõe sobre controles internos, gestão de riscos e governança no âmbito do Poder Executivo Federal;
- Instrução Normativa CGU nº 03/2017, alterada pela IN CGU nº 7/2017 - Aprova o Referencial Técnico da Atividade de Auditoria Interna Governamental do Poder Executivo Federal;
- Instrução Normativa CGU nº 08/2017 - Aprova o Manual de Orientações Técnicas da Atividade de Auditoria Interna Governamental do Poder Executivo Federal;
- Instrução Normativa CGU nº 05/2021 - Plano Anual de Auditoria Interna (PAINT), Relatório Anual de Atividades da Auditoria Interna (RAINT) e Parecer sobre Prestação de Contas da entidade;
- Instrução Normativa ME nº 65/2021 - Dispõe sobre o processo administrativo para a realização de pesquisa de preços para aquisição de bens e contratação de serviços em geral, no âmbito da Administração Pública federal direta, autárquica e fundacional;
- Instrução Normativa ME nº 67/2021 - Dispõe sobre a dispensa de licitação, na forma eletrônica, de que trata a Lei nº 14.133/2021, e institui o Sistema de Dispensa Eletrônica, no âmbito da Administração Pública federal direta, autárquica e fundacional;
- Portaria nº CGU 1531/2021 - Orienta tecnicamente os órgãos e entidades sujeitos ao Controle Interno do Poder Executivo Federal sobre a instauração e a organização da fase interna do processo de Tomada de Contas Especial;
- Portaria nº MPS 402/2008 e alterações - Organização e funcionamento dos regimes próprios de previdência social dos servidores públicos ocupantes de cargos efetivos da União.