À Diretoria-Executiva compete articular o sistema democrático e participativo de governança da Fiocruz com o modelo de gestão estratégica. Isso é feito por meio de políticas, programas, projetos e mecanismos que promovam o fortalecimento institucional. Também compete coordenar as atividades relativas ao planejamento, ao orçamento, à administração, à infraestrutura, à gestão de pessoas e à tecnologia da informação e coordenar a estruturação, a execução e o monitoramento do programa de integridade da Fiocruz.
A estrutura funcional é composta pela Coordenação-Geral de Administração (Cogead), Coordenação-Geral de Gestão de Pessoas (Cogepe), Coordenação-Geral de Tecnologia de Informação (Cogetic), Coordenação-Geral de Infraestrutura dos Campi (Cogic), Coordenação-Geral de Planejamento Estratégico (Cogeplan) e pela Coordenação da Qualidade da Fiocruz (Cquali).
A Diretoria Executiva é responsável também pela interlocução executiva da Presidência da Fiocruz com as entidades de colaboração da gestão, a saber: a na área de serviços de saúde com a Caixa de Assistência Instituto Oswaldo Cruz (Fiosaúde); na área complementar de aposentadorias, benefícios e pensões, com o Instituto Oswaldo Cruz de Seguridade Social (Fioprev); e com a Fundação para o Desenvolvimento Científico e Tecnológico em Saúde (Fiotec), destinada a apoiar projetos de pesquisa e desenvolvimento tecnológico da Fiocruz.
Diretor Executivo: Juliano de Carvalho Lima
Diretora Executiva Adjunta: Priscila Ferraz
Coordenação-Geral de Administração (Cogead):
Flavia Silva
Coordenação-Geral de Infraestrutura dos Campi (Cogic)
Ana Beatriz Cuzzatti -
Coordenação-Geral de Planejamento Estratégico (VDINV/Bio-Manguinhos)
Ricardo de Godoi Mattos Ferreira
Coordenação-Geral de Gestão de Pessoas (Cogepe)
Andrea da Luz
Coordenação da Qualidade (CQuali)
Renata Souza
Coordenação-Geral de Gestão de Tecnologia de Informação (Cogetic)
Misael Araújo
Gerência Geral do Escritório de Captação de Recursos
Luis Fernando Donadio
