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Coordenação-Geral de Planejamento Estratégico (Cogeplan)
Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca (ENSP)
-Centro de Estudos da Saúde do Trabalhador e Ecologia Humana (Cesteh)
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-Centro de Saúde Escola Germano Sinval Faria (CSEGSF)
Escola Politécnica de Saúde Joaquim Venâncio (EPSJV)
Fiocruz África
Fiocruz Amazonas - Instituto de Pesquisas Leônidas e Maria Deane (ILMD)
Fiocruz Bahia - Instituto Gonçalo Moniz (IGM)
Fiocruz Brasília - Gerência Regional de Brasília (Gereb)
Fiocruz Ceará
Fiocruz Mata Atlântica
Fiocruz Mato Grosso do Sul
Fiocruz Minas Gerais - Insituto René Rachou (IRR)
Fiocruz Paraná - Instituto Carlos Chagas (ICC)
Fiocruz Pernambuco - Instituto Aggeu Magalhães (IAM)
Fiocruz Piauí
Fiocruz Rondônia
Fiocruz São Paulo
Fórum Itaboraí
Instituto de Ciência e Tecnologia em Biomodelos (ICTB)
Instituto de Comunicação e Informação Científica e Tecnológica em Saúde (ICICT)
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-Multimeios
-VídeoSaúde
Instituto de Tecnologia em Fármacos (Farmanguinhos)
Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos)
Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde (INCQS)
Instituto Nacional de Infectologia (INI)
Instituto Nacional de Saúde da Mulher, da Criança e do Adolescente Fernandes Figueira (IFF)
Instituto Oswaldo Cruz (IOC)
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-Comitê Fiocruz pela Acessibilidade e Inclusão das Pessoas com Deficiência
-Comitê Pró-Equidade de Gênero e Raça
-Cooperação Social
-Coordenação da Qualidade (CQuali)
-Coordenação de Ações de Prospecção
-Coordenação de Comunicação Social (CCS)
-Coordenação de Estratégias de Integração Regional e Nacional
-Coordenação de Vigilância e Laboratórios de Referência
-Coordenação Executiva do Complexo dos Institutos Nacionais de Saúde
-Corregedoria Seccional
-Escritório de Projetos da Presidência (EPP)
-Ouvidoria
-Procuradoria
-Programa de Computação Científica (ProCC)
-Unidade de Controle Interno (UCI)
-Vice-Presidência de Ambiente, Atenção e Promoção da Saúde (VPAAPS)
-Vice-Presidência de Ensino, Informação e Comunicação (VPEIC)
--Comissão Própria de Avaliação (CPA)
--Editora Fiocruz
-Vice-Presidência de Gestão e Desenvolvimento Institucional (VPGDI)
-Vice-Presidência de Pesquisa e Coleções Biológicas (VPPCB)
-Vice-Presidência de Pesquisa e Coleções Biológicas (VPPCB) - Coleções
-Vice-Presidência de Pesquisa e Coleções Biológicas (VPPCB) - Plataforma
-Vice-Presidência de Produção e Inovação em Saúde (VPPIS)
--Coordenação de Gestão Tecnológica (Gestec)
--Serviço de Equivalência e Farmacocinética (SEFAR)
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