- Órgãos de Assistência Direta e Imediata ao Presidente
-
- Gabinete
- Centro de Relações Internacionais em Saúde
- Centro de Estudos Estratégicos da Fiocruz Antonio Ivo de Carvalho
- Coordenação de Comunicação Social
- Coordenação Cooperação Social
- Coordenação de Equidade, Diversidade, Inclusão e Políticas Afirmativas
- Coordenação de Vigilância em Saúde e Laboratórios de Referência
- Diretoria-Executiva
-
- Coordenação-Geral de Administração (Cogead)
- Coordenação-Geral de Gestão de Pessoas (Cogepe)
- Coordenação-Geral de Infraestrutura dos Campi (Cogic)
- Coordenação-Geral de Planejamento Estratégico (Cogeplan)
- Coordenação-Geral de Gestão de Tecnologia da Informação (Cogetic)
- Coordenação da Qualidade (CQuali)
- Vice-presidências
- Órgãos Colegiados
- Órgãos Seccionais
- Unidade Descentralizada
- Escritórios Regionais
- Órgãos Específicos Singulares
-
- Instituto Nacional de Saúde da Mulher, da Criança e Do Adolescente Fernandes Figueira (IFF)
- Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas (INI)
- Instituto Oswaldo Cruz (IOC)
- Instituto de Ciência e Tecnologia em Biomodelos (ICTB)
- Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos)
- Instituto de Nacional de Controle da Qualidade em Saúde (INCQS)
- Instituto Carlos Chagas (ICC)
- Instituto Aggeu Magalhães (IAM)
- Instituto Leonidas e Maria Deanne (ILMD)
- Instituto Renne Rachou (IRR)
- Instituto de Tecnologia em Fármacos (Farmanguinhos)
- Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca (ENSP)
- Escola Politécnica em Saúde Joaquim Venâncio (EPSJV)
- Instituto Casa de Oswaldo Cruz (COC)
- Instituto de Comunicação e Informação Ciêntífica e Tecnológica (ICICT)
- Instituo Gonçalo Moniz (IGM)