La Vicepresidencia de Investigación y Laboratorios de Referencia (VPPLR) tiene como foco la obtención de conocimiento para la promoción de la salud y la prevención, el diagnóstico y el tratamiento de enfermedades prevalentes en el país. Ese conocimiento debe ser obtenido por medio del desarrollo de principios de conductas y prácticas de integridad en la pesquisa, teniendo por valores básicos confiabilidad, imparcialidad, transparencia, reconocimiento del crédito de todos los involucrados y responsabilidad de todos con relación a los efectos futuros en seres humanos, animales y medio ambiente.
En líneas generales, se puede dividir la VPPLR en tres áreas: Gestión Estratégica de Pesquisa, Gestión Integrada de Servicios de Referencia y Gestión de Conocimiento.